Иногда на корнях, чаще всего бобовых растений, образуются паренхимные наросты, называемые клубеньками. Внутри клубеньков находится множество почвенных бактерий, обладающих свойством фиксировать атмосферный азот в виде соединений, которые могут усваиваться растением. Такие бобовые, как клевер, люцерна накапливают в клубеньках азота от 150 до 300 кг/га. Посевы бобовых применяют в сельском хозяйстве для обогащения почвы азотом. Кроме всем известных бобовых, корневые клубеньки отмечены и у представителей других семейств, например, у некоторых хвойных, у ольхи, у ряда казуариновых, крушиновых, лоховых.